Два роки опісля після подій гри Final Fantasy VII, планета лише зачинає відновлюватися після атаки Метеора. Жителі Мідгара, що вижили, створили нове місто (названий «Едж» - «Edge», що в перекладі з англіського означає «межу», «край»). По планеті поширюється дивна хвороба Геостігма (Рзєицўєоїє, Seikon Shеkеgun). Клауд Страйф утворив свою компанію Доставки Страйфа (Strife Delivery Service) разом з Тіфой Локхарт. Офіс компанії знаходиться в пани Тифи, який також є притулком для дітей, хворих Геостігмою. Серед дітей з Тіфой живуть Марлін Уоллес (приймальна дочка Баррета Уоллеса) і її друг - хлопчик Дензел. Дензел і Клауд обидва хворі Геостігмою. Але Дензел бореться з хворобою з допомогою Тифи і Марлін, а Клауд, вважаючи себе за винного в смерті його друзів - Аеріс і Зака - віддаляється від людей, щоб не бути тягарем для близьких.
На початку фільму Клауда атакують трое людей, які думають, що він знає, де знаходиться їх втрачена мати. Клауд не розуміє, про що вони говорять, битва різко припиняється, коли один з них відгукує назад своїх напарників, і вони виїжджають. Клауд отримує телефонний дзвінок від Тифи, яка передає йому повідомлення Руфуса з проханням про допомогу. Він їде до колишнього глави компанії Шин-ра і взнає, що троє що напали були бандою Кадажа. Руфус просить Клауда знов вчинити на службу Шин-ра, але Клауд відмовляється і вирушає. Потім до Руфусу приходить Кадаж, знешкоджуючи його охоронців, двох Турків - Рено і Руда - і знову намагається з'ясувати місцезнаходження своєї «матері». Ми взнаємо, що під «матерью» маються на увазі клітки Женови, якось пов'язані з Геостігмою. Кадаж шукає «матір» для возз'єднання з Женової, він дає зрозуміти Руфусу, що є духом Сефірота.
Кадаж, Ліз і Язу збирають дітей, хворих Геостігмой, обіцяючи допомогти їм, і відвезли в Забуту Столицю. Битва Тифи і Лоза в церкві Аєріс закінчується ураженням Тифи, від смерті її врятувала Марлін. Вона кинула в Лоза кулькою з матерією, направивши його інтерес на себе. Ліз забирає Марлін по вказівці Кадажа, хоча вона і не хвора, і ящик з матерією, який належав Клауду. Клауд намагається врятувати викрадених дітей, але не може, і йому допомагає Вінсент Валентайн, забираючи його з місця бою. Від Вінсента Клауд взнає, що Геостігма викликана у відповідь реакцією імунної системи людини на клітки Женови, що упровадилися в життєвий потік організму. Вінсент розповідає Клауду свої ідеї про те, чого шукає Кадаж і до чого це може привести. Марлін, що втекла від Кадажа у той час, поки він з Лозом і Язу були зайняті в сутичці, намагається переконати Клауда повернутися додому, і врешті-решт, вони повертаються в Едж, де і відбуваються подальші головні битви з Кадажем і Сефіротом.
У Едж Кадаж і його банді окуповують монумент на майдані в середині міста за допомогою дітей. Кадаж розполохує незадоволений і протестуючий натовп, що зібрався, викликаними духами - монстрами у вигляді фантастичних собак. Пізніше він викликає величезне чудовисько - Бахамут. Поки Баррет, Ред XII, Кайт Сит, Сид, Вінсент Валентайн і Юфі намагаються знищити Бахамута, Руд і Рено б'ються з Ліз і Язу. Потім приїжджає Клауд і за допомогою своїх друзів знищує Бахамута і інших монстрів. В цей час Руфус розмовляє з Кадажем. Кадаж взнає, що Руфус приховував від нього матір. Глава Шин-ра кидає контейнер з клітками Женови з 13 поверху і, ухиляючись від атаки Кадажа, падає услід за контейнером. Кадаж кидається вниз, щоб зловити матір, але прицільним пострілом Руфус потрапляє в контейнер. Кадаж ловить контейнер і виїжджає з Ліз і Язу, переслідуваний Клаудом. Руфуса рятують від падіння Олена і Цзен, які перед цим були викрадені Кадажем і визволені Вінсентом Валентайном. Клауд наздоганяє Кадажа, перед цим знищивши оружієлоз і Язу і один з їх мотоциклів. Клауд і Кадаж падають із старої автостради і далі їдуть по розвалинах Мідгара. Кадаж зупиняється в церкві Аєріс і розуміє, що майже всі клітки матері вилилися з контейнера із-за пошкоджень від пострілу Руфуса. Клітки Женови викликають дощ в церкві, який виліковує Геостігму Клауда, і він вирушає за Кадажем. Після того, як Кадаж майже програв в сутичці з Клаудом, він відкриває контейнер з клітками Женови і говорить Клауду: «Я покажу тобі моє возз'єднання [з матерью]». Під впливом Женови дух Кадажа стає Сефіротом. Сефірот говорить Клауду про свої наміри - він хоче використовувати планету, щоб подорожувати на ній по космосу у пошуках планети, відповідної для створення нового світу. Тепер доля планети залежить лише від Клауда. Результатом тривалої важкої битви стає ураження Сефірота, який говорить, що не залишиться лише спогадом Клауда і знов стає Кадажем. Кадаж більше не в змозі битися, і на руках брата - Клауда - під дощем він повертається в життєвий потік, до матері. Дощ йде над містом, і жителі, як тільки на них потрапляють краплі води, виліковуються від Геостігми. Друзі на кораблі Сьєрра радіють перемозі Клауда. Клауд дивиться на Сьєрру, коли Язу стріляє йому в спину із словами: «Тобі теж пора додому». Язу і Ліз викликають вибух, використовуючи сили матерії, і вирушають услід за Кадажем.
Клауд опам'ятовується, оточений м'яким білим світом. Він тихо виголошує «матір». Голос Аєріс відповідає йому: «Чому всі називають мене матір*ю?». Зак заперечує: «Напевно, вони просто тебе кохають». Аєріс відповідає: «Навіщо мені таке велике дитя», і Зак говорить, що для Клауда ще не прийшов час. Клауд розплющує очі в церкві Аєріс, його рани зажили. Довкола нього коштують діти, він піднімається у воді майже до пояса і бачить своїх друзів, які схвально йому кивають. Клауд бере Дензела і поливає йому на голову воду, яка виліковує Геостігму. Діти, що залишилися, радісно стрибають у воду. Клауд піднімає очі і бачить, як Аєріс допомагає якимсь дітям. Вона встає і вирушає, зупинившись в дверях і обернувшись. Вона посміхається і говорить, що тепер з Клаудом все гаразд. Аєріс і Зак вирушають і пропадають в білому світлу. Клауд посміхається і погоджується, кажучи що тепер він не один.
Вище згадуються сюжетні повороти або навіть розкривається кінцівка.
Нова зірка!!! 
